生物工程专业是在原发酵工程、生物技术和微生物技术等专科专业的基础上申请开办的四年制本科专业，具有20多年的办学历史和积淀。生物工程是应用生物学、化学和工程技术相结合的方法，按照人类需要利用、改造和设计生物体的结构与功能，从而经济、有效、规模化地制造各种产品。

生物工程专业主要面向现代生物工程技术企业的需要，以发酵工程为核心，以基因工程、细胞工程、蛋白质与酶工程和代谢工程等现代生物工程技术为基本手段，围绕蛋白质药物、抗体疫苗、天然活性生物分子、微生物资源利用、发酵食品开发等生物工程领域进行高素质人才培养。开设的主要课程包括生物化学、微生物学、分子生物学、细胞生物学、生物信息学、发酵工程原理、基因工程原理、细胞工程、生物分离工程等，培养具有较为系统的生物学和工程学的基础知识和理论，掌握生物产品大规模制造的科学原理，熟悉生物加工过程流程与工程设计等基础理论和技能。

该专业师资力量雄厚，教学资源和教学条件优越，建设有国家级“生物化学”精品资源共享课程、省级“生命科学基础实验教学示范中心”、省级“细胞培养”精品资源共享课和省级微生物学教学团队，拥有基因芯片点样仪、荧光定量PCR仪、化学发光凝胶成像系统、全自动发酵罐、气质联用、数码互动实验室、细胞工程实验室等先进教学设备和设施，与华兰生物、安图绿科、上海科华、百威英博、青岛根源、珠海溢多利、北京理化检测中心、上海巴斯德研究所等多个生物工程公司和科研院所建立了稳定的产学研合作关系，办学特色鲜明。毕业生主要面向发酵食品、生物制品、生物饲料、蛋白质药物、生物医药等生物工程技术公司从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发。